Si le moulin à vent utilise la force du vent, le moulin à marée use de la force de la mer et plus précisément du phénomène des marées comme énergie pour fonctionner. Situé dans l'estuaire de la Seudre, à l'abri des vagues, tout en restant proche de l'océan pour bénéficier d'une amplitude de marées assez grande pour faire fonctionner ses meules, le Moulin des Loges est l'un des derniers moulins à marées d'Europe à produire de la farine.
A marée montante, l’eau du ruisson des Loges passe sous le moulin pour être stockée dans un réservoir appelé « le monard ». Un système de portes à clapets permet cette action. La règle est que le moulin ne peut tourner qu’à marée descendante en relâchant l’eau stockée du réservoir. Le site étant éloigné de la côte, le flux de la marée ne serait pas assez régulier pour faire tourner l’énorme roue. Par ailleurs, le courant qui se dégage par le coursier participe aussi à l’entretien du marais grâce à l’effet de chasse qui désenvase le ruisson. Ceci permettait aussi d’améliorer la circulation sur les voies navigables.
Avant 1861, le moulin ne comporte qu’une paire de meules et un mécanisme en bois. Il peut moudre 100 kg de blé à l’heure pendant quelques heures. Après cette époque, les frères Botton de Marennes décident de donner un élan industriel au moulin en le dotant de trois paires de meules supplémentaires. Le mécanisme est complété par du fer et de la fonte et la production est multipliée par quatre, si besoin est. Au début du XXème siècle, le moulin s’arrête de moudre face à l’essor des minoteries industrielles beaucoup plus rentables. En effet, elles fonctionnent à toutes heures grâce à l’électricité et ne connaissent pas les contraintes des marées.
L’eau arrive par le ruisson et passe sous le moulin (la pêcherie).
La roue est reliée par un axe horizontal à un premier rouet (rouet de fosse). Le rouet de fosse engraine alors la lanterne.
A l’étage on retrouve le remonte sac et la meule. On verse le grain dans l’entonnoir (la trémie).
L'eau reste piégée dans le réservoir (le monard)
La lanterne est reliée par un axe vertical à un deuxième rouet (le rouet de volée) qui engraine à son tour une deuxième lanterne reliée à la meule
Le grain s’écoule alors dans une partie mobile (l’auget) qui est battue par un gros fer (le vibreur ou le babillard) qui lui tourne en même temps que la meule.
Le meunier ouvre ensuite la vanne courbe pour relâcher l’eau sur la roue à aube (dite en dessous) qui va faire tourner des kilogrammes d’engrenages et des tonnes de meules.
La meule est également reliée à une goulotte en bois par laquelle s’écoule la mouture jusqu’au tamis (le blutoir) pour être triée. 3 issues sont récupérées : la farine, le petit son et le son
Le grain va passer par la meule du dessus qui tourne (c’est la volante) pour se retrouver broyé sur la meule du dessous (c’est la dormante). C’est grâce à une lamelle de cuir qui est attachée à la meule du dessus que la mouture est poussée et s’écoule jusqu’au tamis.